Ya he enviado a soporte los correspondientes aviso, pero lo dejo por aqui por si le puede valer a otros usuarios:

Fallo al unir mapas:

A partir de 4 mapas perfectamente calibrados ( jpg + map con datum Lisboa), comprobado con puntos mios tomados sobre el terreno, asi como con puntos de un fichero de puntos geodesicos, utilizo la opcion "unir mapas" previamente pongo los mapas con el zoom al 100% nivel de compresion 30 y el mapa generado tiene una desviacion con respecto a los mapas originales.

Las desviaciones son de entre 50 y 10 metros dependiendo de si el mapa es de la costa o de la frontera con España ( estoy uniendo mapas de Portugal, 4 jpg en 1 ecw )

Fallo al recalibrar mapas:

Estoy uniendo mapas, 4 jpg en 1 ecw, al terminar la union como ya os comente en otro mensaje se produce una desviacion en la calibracion original, en ese momento utilizo la opcion "Edicion -> Mover la calibracion del mapa" esto añade al IMP una linea con:

Offset=8.00000000,2.00000000

Si despues de quedar el mapa correctamente calibrado con este cambio, se entra a "revisar la calibracion del mapa" para cualquier accion, por ejemplo modificar los marcos del mapa, esta linea del Offset desaparece y no se corrige la desviacion en los puntos originales de calibracion.

Con lo que o se sabe y se esta atento a volver a mover la calibracion del mapa o un mapa que creias que estaba correctamente calibrado, volvera a quedar mal.

Por supuesto con casos como

Offset=8.00000000,2.00000000

La diferencia no es apreciable pero si los valores son mayores pues imaginaros.